นิวตันถือกำเนิดขึ้นในครอบครัวที่นับถือนิกายแองกลิกันสามเดือนหลังจากที่พ่อของเขาเสียชีวิต, พ่อของเขาเป็นชาวนาที่ร่ำรวยและชื่อไอแซ็ค นิวตันเช่นกัน. เมื่อนิวตันอายุสามปี แม่ของเขาแต่งงานกับพระอธิการซึ่งอาศัยอยู่ใกล้บ้านในย่านนอร์ธ วิทแฮม และได้ย้ายไปอาศัยกับสามีใหม่ของเธอ, ชื่อหลวงพ่อบารนาบัส สมิธ, โดยปล่อยให้ลูกของเธออยู่ในความเลี้ยงดูของแม่ยาย, มาร์เจรี่ ไอสคอช.[10] ไอแซคนั้นเห็นได้ชัดว่าไม่ชอบหลวงพ่อสมิธและไม่มีความสัมพันธ์กับเขาในช่วงวัยเด็ก.[8] ลุงของไอแซค, พระอธิการผู้รับใช้ในเบอร์ตัน ค็อกเกิ้ลส์,[11] มีส่วนร่วมในการเลี้ยงดูไอแซคขึ้นมา. บาทหลวงไอสคอชเคยศึกษาอยู่ในมหาวิทยาลัยตรินิตี้.[12]

ปี 1667 นิวตันเข้ารับการศึกษาที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์,[13] เขาจำเป็นต้องทำพันธสัญญาตาม "คำสั่งศักดิ์สิทธิ์ - โฮลี่ ออร์เดอร์ส" ที่ต้องศึกษาให้จบภายในเจ็ดปี. ก่อนที่จะเข้ารับการศึกษาเขาถูกให้กล่าวสัตย์ปฏิญณาณที่จะไม่ข้องแวะกับเรื่องทางเพศและรับ[Articles|หลักสามสิบเก้าข้อแห่งคริสตจักรอังกฤษ].[14] นิวตันตัดสินใจหยุดการเรียนของเขาก่อนที่จะจบหลักสูตรเพื่อหลีกเลี่ยงการบวชเป็นนักบวชตามกฎหมายสมัยนั้นที่บังคับกับผู้ที่เรียนจบทุกคนซึ่งตราขึ้นโดย[II of England|กษัตริย์ชาร์ลสที่สอง].[15][1] ภายหลังเขายอมทำตามความปรารถนาที่จะหลุดออกจากระเบียบที่ยึดไว้ ด้วยความช่วยเหลือจาก[Barrow|ไอแซ็ค แบร์โรว], เมื่อปี 1676 รัฐมนตรี[Williamson (politician)|โจเซฟ วิลเลี่ยมสัน] ได้เปลี่ยนกฎข้อบังคับของ[College, Cambridge|มหาวิทยาลัยตรินีตี้]เพื่อยกเลิกข้อผูกมัดในหน้าที่ดังกล่าวออกไป.[14] เมื่อทราบผลล่วงหน้าเช่นนี้ นิวตันได้เริ่มศึกษาและค้นคว้าประวัติของคริสตจักรในยุคแรกๆ ประมาณทศวรรษที่ 1680 เขากลับประสบความสำเร็จในการสืบหาต้นกำเนิดของศาสนาแทน ซึ่งเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่เขาได้พัฒนามุมมองวิทยาศาสตร์ต่อสสารและการเคลื่อนที่.[15] ในบทความ [Naturalis Principia Mathematica|หลักปรัชญวิทยาต่อธรรมชาติและคณิตศาสตร์] เขากล่าวไว้ดังนี้:[16]

เมื่อผมเขียนบทความเกี่ยวกับระบบของเรา ผมพบว่าหลักการดังกล่าวอาจเข้ากันได้กับแนวความคิดของคนกลุ่มหนึ่งที่เชื่อเรื่องพระเจ้า และไม่มีสิ่งใดที่จะทำให้ผมรู้สึกยินดีได้เท่ากับการที่ทำให้ทราบว่ามันมีประโยชน์กับคนกลุ่มนั้น.

แนวความคิดของนิวตันต่อศาสนาได้พัฒนาขึ้นเป็นผลมาจากการค้นหาความจริงเกี่ยวกับธรรมชาติ (ลักษณะธรรมชาติของโลก) และจากการแบ่งขั้วชัดเจนระหว่างความจริงที่ปรากฏบนพระคัมภีร์ไบเบิ้ลที่ได้รับการเปิดเผยความจริงเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จากการค้นหา และจากความจริงของธรรมชาติที่ได้ท้าทายต่อการพิสูจน์บนพื้นฐานความเชื่อทางศาสนาของนิวตัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งตามข้อความที่ปรากฏในพระคัมภีร์.[17][18] แนวระเบียบแบบใหม่ที่ไม่เป็นไปตามจารีตเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับนิวตันที่จะค้นพบความจริงที่ถูกซ่อนอยู่ในช่วงเวลาของประวัติศาสตร์ยุคเก่า.[19] โดยการนี้พวกเขาอาจจะสามารถเข้าไปมีการสนทนาที่เปิดเผยในการสืบสวนค้นคว้าธรรมชาติ. ในความไม่ลงรอยกันระหว่างคำสั่งของคริสตจักรและผลกระทบจากเปิดเผยของวิทยาศาสตร์ นิวตันและคนอื่นๆได้หันเข้าสู่ปริสก้า? prisca in all the security of a classical civilization having been supposedly founded on bona fide insights.[20] ดังนั้นสำหรับพวกเขาแล้วความจริงได้ถูกวางไว้ด้วยมุมมองแห่งความเป็นจริงที่ได้จาก[]และการสื่อสารอย่างลับๆ ต่อกลุ่มบุคคลเพียงบางคน.[21]

ดังเช่นที่พบว่ากลุ่มบุคคลเพียงบางกลุ่มที่จัดตั้งความรู้ในยุคเรเนซองส์ นิวตันเชื่อว่านักปราชญ์ในยุคโบราณและกลุ่มบุคคลทางศาสนาสามารถเข้าถึงความรู้เกี่ยวกับธรรมชาติและจักรวาล แต่ความจริงเหล่านี้ถูกซ่อนไว้ภายใต้ภาษาที่ใช้บันทึกในสมัยนั้น ซึ่งนักวิชาการในยุคกลาง ([Magnus|อัลเบอร์ตัส แมคนัส], [of Villanova|อาร์โนลด์แห่งวียาโนว่า], และ[Bacon|โรเจอร์ เบค่อน]) ต่างอาศัยการถอดรหัสเพื่อที่จะทำความเข้าใจ ความเชื่อต่อภูมิปัญญาของคนโบราณและการเข้าถึงอารยธรรมที่ได้จากบุคคลทางศาสนาในยุคก่อน (พระเยซูแห่งนาซาเร็ธ, ผู้เผยพระวจนะอิสยาห์ และ[]) รวมทั้งเหล่านักเขียน (พลาโต และเดโมคริทุส) ถูกเรียกว่า ปริสก้า ซาปิเอนเทีย .[1]

เช่นเดียวกับบุคคลร่วมสมัยหลายท่าน (เช่น [Aikenhead|โทมัส ไอเก้นเฮด]) เขาใช้ชีวิตตั้งอยู่บนความเสี่ยงต่อการถูกลงโทษอย่างร้ายแรงหากเขาเปิดเผยความเชื่อทางศาสนาของเขา. คำกล่าวหาว่าเป็นบุคคลนอกรีตนั้นเป็นอาชญกรรมร้ายแรง ซึงบทลงโทษนั้นอาจหมายถึงการสูญเสียทรัพย์สมบัติทั้งหมด ศักดินาที่เคยมี หรือแม้กระทั่งถึงขั้นรับโทษประหาร (ดู, ตัวอย่าง, [Act 1697|โทษของการดูหมิ่นศาสนา 1697]). และเนื่องจากความลับที่เขามีต่อความเชื่อทางศาสนา นิวตันถูกตั้งฉายาว่าเป็นชาว[].[9]

จากข้อมูลของนักวิชาการส่วนใหญ่, นิวตันนั้นเป็นคนในลัทธิเอเรียส, หรือผู้ที่ไม่เชื่อในตรีเอกานุภาพ.[9][22][23] ในมุมมองของนิวตันการนับถือพระเยซูคริสต์ว่าเป็นพระเจ้าถือว่าเป็นการ[] ซึ่งสำหรับเขาแล้วเป็นบาปขั้นพื้นฐาน.[24] เช่นเดียวกับที่เป็นผู้ต่อต้านหลักตรีเอกานุภาพ นิวตันยังปฏิเสธที่จะเชื่อหลักคำสอนดั้งเดิมที่กล่าวถึง[of the soul|อมตะสภาพของวิญญาณ] [9] []และ[]ตามที่เขียนไว้ในพระคัมภีร์.[9] แม้ว่านิวตันจะไม่ใช่พวกที่เข้าในลัทธิ[]แต่เขาก็มีความเชื่อหลายๆ ส่วนที่คล้ายกันกับกลุ่มลัทธินี้.[9] ในหนังสือที่นิวตันส่งถึง[Locke|จอห์น ล็อก]ซึ่งในหนังสือนั้นเขาได้เขียนขึ้นเพื่อโต้แย้งเรื่องการทรงสภาพของตรีเอกานุภาพนั้นไม่เคยได้รับการตีพิมพ์. ในขณะที่มุมหนึ่งที่ ที.ซี.ไฟเซ็นไมเออร์ ได้โต้แย้งว่านิวตันนั้นไม่ใช่ทั้งชาวนิกายออโธด็อกซ์หรือแอเรี่ยน[25] แต่กล่าวว่านิวตันนั้นเชื่อว่าทั้งสองกลุ่มนี้ได้ตั้งความคาดเดาจากการกล่าวอ้างอย่างเลื่อนลอย.[26] ไฟเซ็นไมเออร์ยังโต้แย้งอีกว่านิวตันนั้นมีความเอนเอียงไปทางนิกายอีสเทิร์นออร์ทอดอกซ์ในมุมมองต่อตรีเอกานุภาพมากกว่าทางกลุ่มศาสนาคริสต์ตะวันตกที่ยึดถือโดยโรมันคาทอลิกและโปรเตสแตนต์.[26] อย่างไรก็ตาม เอส.ดี.สโนเบเลน ได้โต้แย้งตามหนังสือที่ถูกเขียนขึ้นในช่วงปลายชีวิตของนิวตันที่แสดงให้เห็นถึงการคัดค้านของนิวตันต่อมุมมองเรื่องตรีเอกานุภาพที่มาจากทางฝั่งอีสเทิร์น.[9]

นิวตันนั้นปฏิเสธการทำพิธีส่งวิญญาณก่อนที่เขาจะตาย.[8]